COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 14.739761
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 14.539449
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 14.395625
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.294125
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 14.227060
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 14.169533
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 14.066125

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 10.956108 15.651582 10.584563
2021-02-22 17:00:00 4.696280 6.449023 10.733651
2021-02-21 17:00:00 5.152105 12.392215 10.867632
2021-02-20 17:00:00 10.325507 10.325507 10.984690
2021-02-19 17:00:00 20.000000 12.170485 11.010632
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.156515
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 11.113731

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 11.827687
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.503356 12.023363
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 12.201548
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 12.372963
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.349131 12.671247
2021-02-18 17:00:00 13.619632 13.619632 13.099171
2021-02-17 17:00:00 11.409396 11.409396 13.582299

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 7.823655
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.935614 7.923544
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 7.932046
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.056631
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 7.930160
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 7.898490
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 7.922636

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 35.623915 12.096197 13.462652
2021-02-22 17:00:00 17.385016 22.750940 13.389114
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 13.218046
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 13.172294
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 13.171627
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 13.164627
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 13.114964

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 29.499878
2021-02-22 17:00:00 51.291308 33.945966 28.950463
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 28.490083
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 28.129071
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 27.836047
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 27.410531
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 26.998071

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 12.627614
2021-02-22 17:00:00 17.726161 17.726161 12.533862
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.414580
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 12.423184
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 12.430609
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.579991
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.579653

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 5.520354
2021-02-22 17:00:00 10.667000 5.240550 5.467637
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.455234
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.478319
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.506322
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.562021
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.583733

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 11.596080
2021-02-22 17:00:00 10.104012 10.104012 11.278188
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 11.133732
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 11.053259
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 11.015717
2021-02-18 17:00:00 10.943644 10.943644 11.006714
2021-02-17 17:00:00 10.058594 10.058594 11.090309

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 24.318368
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 24.107054
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.842260
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.666387
2021-02-19 17:00:00 23.476013 37.698031 23.432170
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 23.118664
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 22.828034

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 11.756374 11.756374 12.709680
2021-02-22 17:00:00 22.328244 14.010910 12.218286
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 12.175743
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 11.975337
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 11.967720
2021-02-18 17:00:00 10.652783 10.652783 12.017508
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 11.971293

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.929577 8.802976
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 8.641685
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 8.660406
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 8.629752
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 8.690414
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 8.747315
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 8.704298

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 85.243087
2021-02-22 17:00:00 62.033898 152.542373 82.866609
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 80.602294
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 80.470271
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 80.100715
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 80.408921
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 81.929159

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 78.725498
2021-02-22 17:00:00 28.037383 83.387622 80.983429
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 80.823463
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 80.338855
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 80.553878
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 79.873123
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 80.169920

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 13.525706
2021-02-22 17:00:00 19.126010 19.126010 13.130313
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 13.031563
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 12.935750
2021-02-19 17:00:00 17.231378 10.125247 12.977431
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 12.848395
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 12.701794

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.885674 24.226354
2021-02-22 17:00:00 13.557312 32.529644 23.806236
2021-02-21 17:00:00 45.038622 45.038622 23.241241
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 23.085792
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 22.963226
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 23.330933
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 23.351606

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 2.279340 2.279340 3.905834
2021-02-22 17:00:00 8.555556 8.555556 3.937526
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 4.025735
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 4.035281
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.060687
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.101000
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.245528

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.120923
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 8.937511
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 8.906683
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 8.964018
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 8.940575
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.122142
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.315143

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.927404
2021-02-22 17:00:00 14.317146 14.317146 8.855208
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.711466
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 8.564543
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 8.426922
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 8.273082
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 8.124351

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.422869
2021-02-22 17:00:00 70.802920 25.738799 28.564686
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 28.498586
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 28.388741
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 28.647487
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 28.332841
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 28.068176

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 6.715938
2021-02-22 17:00:00 43.750000 11.764706 6.949821
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 6.949982
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.137024
2021-02-19 17:00:00 4.597701 7.766990 7.342991
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 7.559167
2021-02-17 17:00:00 14.736842 14.736842 7.684526

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 26.643764
2021-02-22 17:00:00 30.829800 30.829800 26.289152
2021-02-21 17:00:00 14.265845 26.421343 25.856148
2021-02-20 17:00:00 36.837430 19.455138 25.602433
2021-02-19 17:00:00 inf 24.537815 25.482249
2021-02-18 17:00:00 30.647059 30.647059 25.222185
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 25.140272

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.956108 15.651582 10.584563
Basilicata 15.961945 15.961945 11.827687
Calabria 5.814536 5.814536 7.823655
Campania 35.623915 12.096197 13.462652
Emilia-Romagna 34.187298 34.187298 29.499878
Friuli Venezia Giulia 10.841206 10.841206 12.627614
Lazio 4.410160 4.410160 5.520354
Liguria 12.110617 12.110617 11.596080
Lombardia 26.165858 26.165858 24.318368
Marche 11.756374 11.756374 12.709680
Molise 8.049536 2.929577 8.802976
P.A. Bolzano 114.024390 114.024390 85.243087
P.A. Trento 75.570033 75.570033 78.725498
Piemonte 13.337679 13.337679 13.525706
Puglia 14.436064 20.885674 24.226354
Sardegna 2.279340 2.279340 3.905834
Sicilia 9.040000 9.040000 9.120923
Toscana 9.122108 9.122108 8.927404
Umbria 23.165340 23.165340 28.422869
Valle d'Aosta 2.898551 2.898551 6.715938
Veneto 35.878378 35.878378 26.643764

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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